Nel 1703 il Quesnel fu arrestato a Bruxelles per ordine del respagnolo Filippo V, e imprigionato nelle carceri dell'arcivescovato, ma riuscì ad evadere ed a raggiungere Amsterdam, dove visse il resto della sua vita e dove morì il 2 dicembre1719. Con l'arresto a Bruxelles la polizia sequestrò una vasta documentazione epistolare del Quesnel che fu oggetto di una procedura giudiziaria nei suoi confronti. Tutta i documenti relativi a questi atti furono pubblicati nel 1705 con il titolo di Causa Quesnelliana[1] e sono oggi una delle fonti più autentiche per lo studio del giansenismo di quel tempo.
La condanna
Incisione antigiansenista francese (metà del '700)
Con il breve pontificioUniversi Dominici gregis (luglio1708) papaClemente XI aveva condannato il libro vietandone la stampa. Ma in Francia il breve pontificio non ebbe nessun effetto[2], tanto che nel 1710 uscì una seconda edizione delle Réflexions morales. Lo stesso episcopato francese era diviso, ed il Quesnel era difeso dal Noailles, arcivescovo di Parigi.
Nel novembre del 1711 il re Luigi XIV domandò al papa che emettesse una nuova bolla, chiedendogli che essa fosse rispettosa delle libertà gallicane; il re si impegnava a renderla pubblica. L'8 settembre1713 usciva perciò la bolla Unigenitus Dei Filius, che condannava 101 proposizioni estratte dal libro di Quesnel.